Der zentrale theologische Unterschied betrifft die Nachfolge des Propheten Mohammed: Schiiten sind überzeugt, dass der Prophet seinen Schwiegersohn Ali ausdrücklich als Nachfolger bestimmt habe. Sunniten hingegen vertreten die Ansicht, dass Mohammed zwar Ali besonders geehrt, aber keinen direkten Nachfolger eingesetzt habe, sondern den Weg einer Entscheidung im Schurarat (Ratsversammlung) empfohlen habe. Nach Mohammeds Tod wählten die Muslime daher selbst den ersten Nachfolger.

Aus dieser unterschiedlichen Sichtweise entwickelte sich im Laufe der Zeit eine eigene Auslegungstradition, die durch kulturelle, geschichtliche und politische Faktoren verstärkt wurde. Dennoch bleibt die Gemeinsamkeit, dass Sunniten wie Schiiten an den einen Gott, den Koran und den Propheten Mohammed als letzten Gesandten glauben. Diese Einheit wiegt nach Ansicht vieler schwerer als die Trennungen.

Ein weiterer Punkt ist, dass Schiiten stärker dazu neigen, die historische Entwicklung nach Mohammed kritisch zu bewerten. Sie sehen darin vielfach falsche Entscheidungen, etwa bei der Wahl der Nachfolger oder in späteren politischen Handlungen und Eroberungen, die aus schiitischer Sicht nicht immer den wahren islamischen Prinzipien entsprachen.

Insgesamt gilt: Die Unterschiede zwischen Sunniten und Schiiten haben ihre Wurzeln vor allem in der Frage der Nachfolge Mohammeds, während die Gemeinsamkeiten im Glauben an Gott, den Koran und den Propheten die Basis der Einheit bilden.