Zwischen dem 19. und 26. Juni 2016 tagte auf Kreta die „Heilige und Große Synode" der Orthodoxen Kirche. Obwohl es sich um ein lange vorbereitetes Konzil handelte, nahmen nur zehn der 14 autokephalen orthodoxen Kirchen teil. Vier Lokalkirchen – darunter das einflussreiche Moskauer Patriarchat – boykottierten die Versammlung, was orthodoxe Theologen als „panorthodoxen Schock" bezeichneten. Das Konzil verabschiedete sechs Dokumente zu Themen wie Fasten, Diaspora, Ehesakrament und die Beziehung zu anderen christlichen Konfessionen.
Die Gründe für die Abwesenheit waren sowohl methodologischer als auch inhaltlicher Natur. Bulgarien und Antiochien forderten eine Vertagung, um Korrekturvorschläge an den Dokumententwürfen einzuarbeiten, während das Ökumenische Patriarchat diese während der Synode selbst diskutieren wollte. Tiefergehend war jedoch ein inhaltlicher Vorbehalt: Einige Kirchen hielten die Dokumentvorlagen für zu „ökumenisch". Konkret umstritten war, ob orthodoxe und nichtorthodoxe Christen gemeinsam kirchlich heiraten dürfen und ob andere christliche Konfessionen als „Kirchen" bezeichnet werden sollen – Fragen, die Georgien und Bulgarien ablehnten.
Der Konflikt offenbart eine grundsätzliche Spannung zwischen traditioneller orthodoxer Ekklesiologie und ökumenischer Öffnung, wobei ultrakonservative Strömungen in einigen Kirchen an Einfluss gewonnen haben. Dennoch betont der Artikel, dass dies nicht als prinzipieller Ausrichtungsstreit der Gesamtkirche zu verstehen ist. Patriarch Kyrill versicherte, dass die Meinungsverschiedenheiten die orthodoxe Familieneinheit nicht zerstören. Bemerkenswerterweise prägte die Abwesenheit der vier Kirchen die Konzilsdebatte dennoch präsent und wirkungsvoll – die Delegationen bemühten sich um Konsenslösungen, die auch von den Abwesenden akzeptiert werden könnten.